Gray Fox, le meilleur agent de l’unité FOX-HOUND est porté disparu au cours d’une mission derrière les lignes ennemies. Son dernier message fait mention d’une arme de destruction massive portant le nom de code METAL GEAR. Solid Snake, jeune recrue intégrée provisoirement dans l’unité, est envoyé sur place pour secourir Fox et enquêter sur la menace supposée de cette arme.
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